内设科室：

办公室，人事科（离退休人员工作科），财务科，水利规划建设科（监督科），水资源管理保护科（驻马店市节约用水办公室），农村水利水电科（移民安置与后期扶持科），水旱灾害防御科，河湖管理工作科（水土保持科），行政审批服务科（政策法规科）。

二级机构：

驻马店市薄山水库运行中心、驻马店市板桥水库运行中心、驻马店市宿鸭湖水库运行中心、驻马店市河湖运行中心、驻马店市水旱灾害防御中心、驻马店市水系工程运行维护站。